Der Malteserorden entstand zu Zeiten der Kreuzzüge. Nachdem die Kreuzfahrer im Jahr 1099 Jerusalem besetzt hatten, gründeten sie in der Stadt ein christliches Krankenhaus, in dem Ordensmitglieder die Pilger behandelten.
Der Ordensbruder namens Gerhard Sasso, gründete auf den Straßen Europas neue Krankenhäuser für Pilger, und später auch den Orden des Krankenhauses St. Johann.
Dieser Orden bot zu damaligen Zeiten die beste medizinische Versorgung an. Die Patienten lagen in Betten, sie bekamen gutes Bettzeug, Kleidung und Schuhe. Im Todesfall hatten die Patienten das Recht, nach christlicher Tradition in einem Sarg begraben zu werden.
Nach dem Ende der Kreuzzüge zog sich der Orden erst nach Zypern und dann auf die Insel Rhodos zurück. Während der Expansion des Osmanischen Reiches überließ Kaiser Karl V. im Jahr 1530 die Insel Malta dem Orden. Aus diesem Grund bekam er den heute bekannten Namen.
In den nächsten fast 270 Jahren bauten die Malteser auf der Insel das sogenannte „Heilige Krankenhaus“ – mit einer Größe von 155 Meter Länge, 11 Meter Breite und 10 Meter Höhe war es das Größte der damaligen Zeit. Im Jahr 1798 vertrieben Napoleons Truppen die Ritter des Ordens von der Insel. In Westeuropa waren die Ritter des Ordens Verfolgung und Repression ausgesetzt.
Sie fanden ihre neue Heimat im russischen Reich. Zar Paul I. war von 1798 bis 1801 der Meister des Ordens. Die Krone mit dem Malteserkreuz, die im Auftrag des Königs und Meisters angefertigt wurde, ist im Schatzmuseum des Moskauer Kremls ausgestellt.
Erst 1834 konnte sich der Orden offiziell als souverän und nicht-territorial etablieren, d.h. als Staat ohne Territorium auf dem Aventin in Rom. Seitdem wird er von einem auf Lebenszeit gewählten Meister geleitet. Dank dieses Neuanfangs war es wieder möglich, die Wohltaten zu vollbringen: Beispielsweise Krankenhäuser während der Kriege des 19. Jahrhunderts zu bauen, Hilfszüge während des Ersten Weltkriegs zu organisieren oder gegen Lepra zu kämpfen.
Seit mehr als neun Jahrhunderten und bis heute setzen sich die Ritter des Malteserordens auf der ganzen Welt für die Barmherzigkeit ein. Sie kümmern sich um die kranken und alten Menschen, leisten soziale Hilfe, helfen bei Bauarbeiten, engagieren sich in Hospizen als auch in Vorsorge- und Gesundheitseinrichtungen und beschäftigen sich mit jungen Menschen.
Ab dem 3. Januar 1991 haben die Augsburger Malteser die Malteser in Moskau bis zum Jahr 2007 unterstützt.